尼日利亚运输以公路为主，以水路、铁路运输为辅。交通运输较为紧张。

　　铁路：总长3557公里，全国统一为1.067米轨距的单轨线。因年久失修，运行能力低。尼国家铁路公司在15个州有268个车站。2006年客运量为300万人次。目前全国70%的机车需要修理和更新。2006年8月，尼政府宣布用25年完成铁路现代化改造，计划到2043年新建铁路6000公里。其中，铁路现代化项目规划南起拉各斯市，途经首都阿布贾，北至北部重镇卡诺市，全长1315公里，建设成后将贯穿南北主要贸易通道。2016年7月，项目一期阿布贾至卡杜纳段投入运营，全长186.5公里。2017年3月，项目二期拉各斯至伊巴丹段开工建设，全长156公里。2018年7月，阿布贾城铁一期开通运营，全长45公里。据尼国家统计局数据，2018年上半年，尼铁路运输业营业额为11.6亿奈拉，运送旅客144.86万人，运输货物16.56万吨。

　　公路：总长194394公里，其中联邦政府负责修建的第一级主干道公路总长约32980公里，由州政府出资修筑的第二级公路总长约31040公里，由地方政府修建的第三级简易公路总长约129980公里。三级公路已基本形成一个连接首都阿布贾和各州首府的交通网，利用率逾90%。公路运输分别占国内货运量的93%和客运量的96%。

　　水运：内河航线总长3000公里，承担内河航运的主要是贝努埃河和尼日尔河。全国有8个主要海港，2011年货物吞吐量为8276万吨，占西非海运贸易的68%。2018年上半年，尼港口货物总吞吐量为9662万吨，同比增长31.24%。主要港口有拉各斯的阿帕帕港、廷坎港、科科港、瓦里港、哈尔科特港、卡拉巴尔港和萨派勒港。拉各斯港（包括阿帕帕港和廷坎港）是西非最大、最繁忙的港口，承担了尼70%左右的进出口货物运输。尼海港设备先进，但利用率不到60%。尼对外贸易的70%通过港口承运装卸。2018年3月，拉各斯莱基深水港项目启动，该港口建成后将成为西非枢纽港口，水深16米，设计年吞吐量150万标准箱，并有望扩至450万标准箱。2018年上半年，尼港口货物总吞吐量为9662万吨，同比增长31.24%。

　　空运：尼日利亚国有航空公司曾开设多条国内和国际航线，但由于经营不善，亏损严重，2005年尼政府将其私有化。目前航空业的主力军为Aero Contractors, Arik Air, Air Peace, Azman Air, Dana Air, First Nation, Med-View和Overland等私营航空公司，主要运营国内航线及少量国际航线。在尼经营的外国航空公司有法航、英航、汉莎等24家，国际航线基本被这些公司垄断。全国有隶属联邦民航局的22个主要机场，主要分布在联邦首都区和各州首府，其中5个国际机场，分别在拉各斯、阿布贾、卡诺、哈尔科特港和卡拉巴尔。尼与65家国际航空公司签有航空协议。2017年，尼机场起降航班共约21.4万架次，运送乘客1339万人次。2018年2月，布哈里总统签署批准尼和阿尔及利亚、刚果、中国、卡塔尔、新加坡的双边航空服务协议。2018年，尼机场共运送旅客1723万人次，其中国际旅客444万人次，国内旅客1279万人次。

　　管道运输：有5000公里长的输油管道，将各炼油厂和部分港口、油井和储油库相连。